它的前身是明治时期创办的东京开成学校和东京医科学校，东京大学校区设在东京都内文京区本乡，占地面积 40 平方米 ，全校绝大部分机构均在这里 。
另外在目黑区驹场另建一新校区，为教养学部及部分后勤设施所在地 。
附属学校、工同研究部门，实验实习基地（如农场、林场、地震、火山、天文等观察站）、师生员工宿舍等分布于全国各地 。
同期有教职员工 8055 人，总长 1 人，教辅 35 人，各种职员（包括行政人员、技术职员、医务人员中心护士、药剂师、放射线技师，临床卫生检测技师、营养师等） 4055 人 。
教员 3964 人中教授 1133 人，副教授 1083 人，讲师 170 人，助教 1578 人，教授副教授占教师队伍的 56% 。
东京大学共有藏书 6646133 册，其中西文书 3129 ， 050 册，分藏于全校 60 多个学部、研究所以及有关部门的图书馆和资料中心 。
中心图书馆藏书近 100 万册， 38,600 种期刊，每年全校订购新书近 20 万册 。
校内共有 3 所科类齐全的附属医院；医学部的附属医院，附属分院，医学科学研究所的附属医院，总共有病床 1246 张 。
东京大学由于学科齐全，经费充足，教员队伍整齐，一些传统学科办学水平高，教学和研究的力量与水平是日本其它大学无可比拟的，为迎接新技术革命的挑战，国家正组织几所国立大学和有关部门，进行当前及 21 世纪几项重点项目的共同研究，在这场 “ 重点会战 ” 中，东京大学无疑起着 “ 领头羊 ” 的作用 。
